Làm thầy giảng được mấy năm thì bề trên gọi thầy học Đại chủng viện, truyền chức linh mục cho thầy, cùng sai đi giúp các xứ đạo lúc thầy mới đến ba mươi hai tuổi.

Linh mục Giacôbê Năm là người hiền hòa, dễ mến. Cha năng đọc kinh, lần hạt. Đặc biệt, cha Giacôbê Năm có lòng thương kẻ khó khăn, hay giúp đỡ người nghèo về cơm áo, thuốc men.

Vào khoảng giữa thời Minh Mạng, bề trên đem cha Năm về Nhà chung Kẻ Vĩnh được hai ba năm thì có chỉ cấm đạo, bắt các đạo trưởng, triệt hạ các nhà thờ, nhà xứ. Bấy giờ Nhà chung Kẻ Vĩnh phải tản đi. Linh mục Năm ẩn trốn ở nhà ông trùm Tốn, họ Kẻ Nguồi ba bốn năm. Khi cơn cấm đạo đã nguôi, Nhà chung đã hồi lại, cha Năm lại về Kẻ Vĩnh.